בדרך כלל, ניתן לנקות רצפת האריחים בכל שמפו רצפה רגיל. למקפידים יותר, קיימים בשוק הסילרים גם חומרי ניקוי ייחודיים לשימור וניקוי רצפת אבן טבעית.
עד כמה שננסה לשמור על רצפה נקייה, "תאונות" כידוע מתרחשות. ולכן, במקרה ונשפך חומר מסוים על הרצפה, השתדלו להסירו מייד באמצעות מטלית הטבולה בסבון רגיל, בתנועת ספיגה ולא במריחה, כדי להגביל את מריחת הכתם על הרצפה. במידה ונוצר כתם שאינו מוסר על ידי מטלית, נסו לשפשף את האזור עם נייר זכוכית עדין, ואז נסו שוב לנקות את הכתם.
יש להתאים את הטיפול בכתמים למקור הכתמתם. כתם הנוצר מחלודה נסיר באמצעות נוזל מסיר חלודה. כתם שנוצר מקפה או יין, או משאריות אוכל שונות, נסיר באמצעות מי חמצן. כתמי שמן, באמצעות נוזל ממיס שומנים.
בכל אחד מהמקרים, מספיגים את הנוזל בתוך מטלית או נייר סופג, ומשאירים על הכתם לכמה שעות. בכתמים "עקשניים" במיוחד, מערבבים את הנוזל בתוך אבקת טלק עד להשגת מרקם נוח למריחה, מניחים על הכתם שכבה של 1ס"מ. מכסים עם ניילון, וסוגרים סביב עם סרט הדבקה נוח להסרה. ממתינים כ-24 שעות, עד שהתערובת יבשה, ומסירים עם מטלית יבשה. משפשפים מעט עם נייר זכוכית. מומלץ לחדש את הסילר באזור שנוקה.